פרופ׳ שי צפריר מתמקד במחקריו בנושאים של ניהול אנשים ובמיוחד בממשק שבין אמון לבין הון אנושי והתנהגות בעלי עניין בארגון. פרופ׳ צפריר עוסק בהדרכה והוראה משנת 1989. בשנת 2016 נבחר לתפקיד ראש בית הספר למנהל עסקים תפקיד אותו מילא עד שנת 2021. כראש המרכז לחקר ארגונים וניהול המשאב האנושי ייסד במשותף את הרבעון לחקר ארגונים וניהול משאבי אנוש, שחרט על דגלו את נושא ההשפעה החברתית בעבודות מחקר אקדמיות ותרומתן לקהילה העסקית בישראל. לאורך השנים מילא מספר תפקידים נוספים באוניברסיטה: חבר סנאט, חבר בוועדת חוקה, יושב ראש ועדת דוקטורט ועוד. במישור הציבורי היה יו”ר האגודה הישראלית לחקר יחסי עבודה (2009-2011), נציג ציבור בביה”ד הארצי לעבודה (2010-2018), ועוד.